К началу XIII в. город Зубцов (Зубьчев) рке достоверно существовал: в 1216 г. он был отнят новгородским князем Мстиславом Мстиславичем у переяславского князя Ярослава Всеволодовича. Затем входил в состав Тверского княжества и вместе с ним присоединен к Москве. Случилось это в 1485 г. Но до того он много раз упоминается исключительно по поводу разорения. Особо памятными стали литовские набеги 1245 и 1285 гг., приход Дмитрия Донского в 1370 г.
Зубцов этого времени считался значительным городом. Свидетельством тому — обширные укрепления по обоим берегам Волги, а также договорные грамоты XIV в. с Литвой, в которых по платежу торговых пошлин он приравнивался к Твери и Кашину.
Как и многие древнерусские города, Зубцов расположен при слиянии двух рек — Вазузы и Волги, на левом берегу которой сохранился старинный земляной вал в форме полукруга. Когда-то мимо города шли суда не только по Волге, но и по Вазузе (гжатский караван). Этим путем еще в XII в. пользовались немцы для торговли Риги и Готского берега со Смоленском, они проходили и далее на Киев: через Западную Двину до ее истоков, а отсюда по Волге и Вазузе до села Волочек, где суда сухим путем перевозились до Днепра.
В 1708 г. Зубцов был приписан к Смоленской губернии, в 1719 г. переведен в Тверскую провинцию Санкт-Петербургской, а в 1727 г.— Новгородской губернии. В 1776 г. определен уездным городом Тверского наместничества (с 1796 г.— губернии). В городе появились присутственные места, чиновники. Он получил регулярную планировку, особую для каждой из его сторон — городской и заречной.
Расположение Зубцова и природная среда определяли занятия его обитателей: транзит грузов, постройка небольших судов, рыболовство и хлебопашество. К середине XIX в. здесь было три небольших завода: водочный, пивоваренный и кирпичный.
Богатство или, что скорее, достаток города складывался от торговли хлебом и льном. Население Зубцова в 1858 г. составляло немногим более 3000 человек. К концу XIX в.— почти 5 тыс. В городе было 650 домов, 135 торгово-промышленных заведений, две городские школы, в которых училось 100 мальчиков и 90 девочек. 5 городских ярмарок удовлетворяли исключительно городские нужды. Городской бюджет давал доход не менее чем на 10 тыс. рублей, половину из которых поставляли трактиры. Тогда же через Зубцов прошла железнодорожная линия из Москвы к Риге.
В годы первой мировой войны до сентября 1917 г. в городе были расквартированы два пехотных запасных полка.
Пережив без особых потерь две революции 1917 г., Зубцов довольно рано вступил в период реконструкции: рке в 1921 г. здесь была сооружена электростанция. К 1940 г. работали льноперерабатывающий завод, пуговичная фабрика, мастерская по ремонту тракторов, строился сили-катно-керамический завод.
Однако 11 октября 1941 г. Зубцов был оккупирован немецко-фашистскими войсками, превратившими его в укрепленный узел. Менее чем через год, 20 августа 1942 г., после ожесточенных двухнедельных боев город был освобожден.
В 1977 г. близ Зубцова на Вазузе сооружена плотина Вазузской гидросистемы. К этому времени население города насчитывало немногим более 7 тыс. человек. Приблизительно столько же экскурсантов приходят за год в небольшой местный краеведческий музей, открытый в 1988 г.
В Зубцове по-прежнему работает льнозавод, построен ремонтно-механический завод и завод по переработке молока, поставляемого животноводами округи.